Dopo aver salvato il Presidente degli Stati Uniti da un attentato, il paese da attacchi - uno nucleare e uno batteriologico - aver superato la dipendenza dall'eroina, aver perso sua moglie ed essere stato costretto ad uccidere il suo capo, Bauer all'alba del quarto giorno non lavora più per la CTU (un'ipotetica unità antiterrorismo), ma è a capo delle guardie del corpo del Ministro della Difesa James Heller. Quando il ministro e sua figlia, della quale si è innamorato, vengono rapiti e minacciati di morte, Bauer è costretto a tornare nei corridoi della CTU e lottare per portare a termine la sua nuova missione.