In quest'ultima stagione la miccia si accende quando Richard Woosley diveta il nuovo leader all'interno del team Atlantis. Intanto, Rodney McKay affronta diverse sfide personali. Teyla Emmagan deve trovare il giusto compromesso il proprio ruolo di madre e quello di guerriera. Il passato di Ronon Dex ritorna portando con sé vendetta, mentre Jennifer Keller incappa prima in un pericolo, per poi trovare aiuto da una fonte improbabile. Una provvisoria relazione con i Wraith conduce ad una svolta sconvolgente ed i nuovi avversari assaggeranno il coraggio e la risolutezza del team Atlantis come mai prima d'ora.